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Rafael Vagner Dias Silva, conhecido como Rafael Vagner, nasceu em Betim, Minas Gerais, em 9 de junho de 1983. Iniciou sua carreira profissional no América Mineiro em 2003, onde atuou por duas temporadas.
Após deixar o América Mineiro, Rafael Vagner passou por diversos clubes brasileiros, incluindo Cruzeiro, Corinthians, Vasco da Gama e Bahia. No Cruzeiro, conquistou o Campeonato Mineiro em 2006 e 2008. No Corinthians, foi campeão da Copa do Brasil em 2009.
Em 2011, Rafael Vagner se transferiu para o Al-Hilal, da Arábia Saudita. Após uma temporada, retornou ao Brasil para jogar pelo Bahia. Em 2014, teve uma breve passagem pelo Al-Shabab, dos Emirados Árabes Unidos.
Rafael Vagner retornou ao Bahia em 2015, onde permaneceu até o final de sua carreira. Aposentou-se do futebol profissional em 2019, aos 36 anos.
Rafael Vagner era conhecido por sua solidez defensiva, boa leitura de jogo e capacidade de antecipação. Era um zagueiro confiável e versátil, capaz de atuar tanto na zaga central quanto na lateral direita.